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孔板尺寸對研究會有影響嗎?
更新時間:2024-03-29   點擊次數:637次

斑馬魚行為(wei) 軌跡跟蹤係統(DanioVision)是一種多功能研究工具,可使用適合該設備的孔板來研究斑馬魚。斑馬魚研究中使用的標準孔板有 2448 96 孔。

 

孔板尺寸是否重要?

WolterSvoboda在一篇《神經科學方法》(Neuroscience Methods)論文中描述了他們(men) 如何使用斑馬魚行為(wei) 軌跡跟蹤係統來研究使用孔板大小尺寸是否會(hui) 影響基於(yu) 運動的晝夜節律[1]。原因顯而易見:孔板中的孔數越多,意味著(移動的)空間越小。增加研究的孔數可以提高研究的產(chan) 量,但可能會(hui) 降低研究結果的穩定性

 

使用斑馬魚行為(wei) 軌跡跟蹤係統進行研究

斑馬魚行為(wei) 軌跡跟蹤係統(DanioVision是一款用於(yu) 斑馬魚和其它小型生物的高通量跟蹤係統,可應用於(yu) 許多領域的研究,例如癲癇行為(wei) 研究、晝夜節律、運動控製、運動障礙、神經發育等。無論使用的是6122448還是96孔板,該觀察箱都可以容納孔板,並對其中的斑馬魚幼魚進行高通量觀察分析。也可以支持使用培養(yang) 皿或其他小容器。

 

 

 

孔板尺寸的變化會(hui) 導致行為(wei) 差異嗎?

斑馬魚幼魚在環境變化(如光暗轉換)的觸發下會(hui) 增加運動,Emran 等人於(yu) 2008年對這一特定現象進行了研究[2]。基於(yu) 此,Wolter Svoboda在他們(men) 的論文中指出,許多研究小組都在研究斑馬魚的行為(wei) ,以觀察神經係統的發育和功能,但所使用的孔板卻存在很大差異:有些小組在 96 孔板中進行這些行為(wei) 測定,而有些小組則在 24 孔板中進行這些測定。這種尺寸差異對斑馬魚發育階段的(晝夜節律)行為(wei) 有何影響?

 

孔板中的長期實驗麵臨(lin) 風險

使用斑馬魚行為(wei) 軌跡跟蹤係統對斑馬魚在 5-23 dpf 期間的晝夜節律(通過運動)進行了跟蹤和分析。圖 1顯示了同時跟蹤24隻幼魚的示例,並顯示了幼魚最初五分鍾的活動軌跡。

 

1

他們(men) 在 12 孔板(直徑20毫米)、24 孔板(直徑15毫米)、48 孔板(直徑 10 毫米)和 96 孔板(直徑 6.54 毫米)中記錄了 5-6 dpf 幼魚27小時的運動活動(圖 2)。無論孔板大小如何,幼魚的晝夜節律看起來都相對典型。

 

2

然而,在單獨分析時,典型晝夜節律(typical CR)的百分比隨著每板孔數的增加而下降。在48孔板和96孔板中跟蹤幼魚與(yu) 在12孔板和24孔板中跟蹤幼魚相比,個(ge) 體(ti) 典型晝夜節律出現的一致性較差。進一步分析比較了不同孔板的典型晝夜節律百分比,12孔板和24孔板的典型晝夜節律出現率沒有差異,但24孔板和48孔板以及24孔板和96孔板的典型晝夜節律出現率存在顯著差異。

在含有24個(ge) 或更多孔的板中飼養(yang) 幼魚時,除了晝夜節律變異性增加外,幼魚活動的幅度也急劇下降50%以上。在孔數較多的孔板中看到的個(ge) 體(ti) 變異性增加可能是由於(yu) 孔徑減小,活動空間就更小了。由於(yu) 在12孔板或24孔板中跟蹤的幼魚的典型晝夜節律出現率沒有差異,他們(men) 決(jue) 定在24孔板中進行後續實驗。在這些孔板中,幼魚表現出更高的運動活性。

本文發現,當監測5-23 dpf幼魚的運動活動作為(wei) 晝夜節律的讀數時,在96孔板中跟蹤幼魚的高通量方法可能會(hui) 麵臨(lin) 挑戰。對於(yu) 短期實驗而言,使用96孔板所發現的這些限製還有待證實。

 

總結

最終,Wolter Svoboda 提出了明確的建議:由於(yu) 晝夜節律(通過運動行為(wei) 衡量)的變異性,長期斑馬魚行為(wei) 學實驗不推薦在48孔板或96孔板中進行,使用24孔板使這些研究從(cong) 高通量轉變為(wei) 中等通量將會(hui) 是更好的選擇。

 

參考文獻

1.Wolter, Matthew E.; Svoboda, Kurt R. (2020). Doing the locomotion: Insights and potential pitfalls associated with using locomotor activity as a readout of the circadian rhythm in larval zebrafish. J. Neurosci. Methods, 330, 108465

2.Emran, Farida; Rihel, Jason; Dowling, John E. (2008). A Behavioral Assay to Measure Responsiveness of Zebrafish to Changes in Light Intensities. J. Vis. Exp.(20), 923

 

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